A folyóvizek ökológiai monitorozása magában foglalja a Duna nagy felbontású, komplex kémiai és biológiai vizsgálatokkal végzett monitoringját, melynek során a vízmintákban komplex kémiai és biológiai elemzéseket végzünk, fókuszálva az új ipari szennyezők koncentrációinak nyomon követésére és meghatározott élőlénycsoportokra; továbbá a kiszáradó kisvízfolyások monitorozását, melynek keretében kisvízfolyásokon vizsgáljuk a víztározás, valamint a kiszáradásnak a vizek környezeti paramétereire és bentikus élőlényközösségekre gyakorolt hatását; végül a hódok monitorozását elterjedésének és tájátalakító tevékenységének szempontjából.
